Júnior chegou ao São Paulo em agosto de 2004. No ano seguinte, o atleta conquistou o Campeonato Paulista, o tricampeonato da Copa Libertadores e do Mundial de Clubes.
Após viver altos e baixos em 2006 mesmo com o tÃtulo do Campeonato Brasileiro, o camisa 6 perdeu espaço na equipe titular este ano depois da chegada de JadÃlson.