Apesar da data oficial de fundação ser a de 7 de abril de 1901, já falava-se, em Clube Náutico Capibaribe desde o século anterior, quando dois grupos rivais de remadores recifenses se uniram.

Desde 1897, quando o remo ganhou expressão no Recife, com várias competições ao longo do Rio Capibaribe, havia movimento para criação de um clube náutico. O Náutico chegou a mudar de nome para Recreio Fluvial, mas não agradou a todos e voltou a ser chamado Clube Náutico Capibaribe.

No início de tudo, em 1897, um grupo de rapazes amantes do remo, comandados por João Victor da Cruz Alfarra, alugava barcos da antiga Lingüeta, saindo em pequenas excursões até a antiga Casa de Banhos do Pina. Essas viagens alcançavam até o bairro de Apipucos.

Quando, após terminada a revolta dos Canudos, os recifenses preparavam-se para receber as tropas pernambucanas comandadas pelo general Artur Costa, uma vasta programação foi preparada para a recepção aos soldados. João Alfarra e alguns dos seus companheiros de proeza, pelo Capibaribe, foram encarregados de preparar a parte náutica da recepção, ficando marcada uma grande regata para o dia 21 de novembro de 1897.

Essa competição despertou o interesse dos recifenses, que sentiram a necessidade de fazer outras promoções do gênero. O remo começou a ganhar novos adeptos e, no ano seguinte, empregados dos armazéns das ruas Duque de Caxias e Rangel formaram uma agremiação, à qual deram o nome de Clube dos Pimpões. Os componentes do outro grupo, o que tinha brilhado na regata da recepção agrave;s tropas de Canudos animaram-se e houve uma série de combates entre as duas turmas, em 1898, na Casa de Banhos.

No final de 1898 ficou acordada a fundação de uma outra sociedade que congregaria os dois grupos antes mencionados e que, por proposta de João Alfarra, foi denominada Clube Náutico Capibaribe.

O futebol só apareceu no clube a partir de 1909. Suas atividades, entretanto, limitavam-se aos domingos, quando no campo de Santana ou na campina do Derby. Antes, não havia por parte do pessoal do Náutico, o menor interesse pelo jogo. O novo esporte só foi aceito para que não houvesse brigas internas.

Em 1914, foi criada a Liga Recifense de Futebol, mas o Náutico não fez parte da mesma. Os seus jogadores procuraram ingressar nos outros clubes, nos que haviam se filiado. O João de Barros, o atual América, foi o que mais ganhou com a evasão dos jogadores do Náutico. Em 1915, porém, sentiu-se a necessidade de se criar uma nova entidade para orientar o futebol da cidade. Fundada dessa maneira a Liga Sportiva Pernambucana, o Náutico a ela se filiou. Com seu ingresso, os jogadores voltaram. Mas o time só conseguiu ser campeão muito tempo depois, em 1934, já na fase do profissionalismo.